Le destin médiéval du Léman s’organise autour de la fonction géopolitique du franchissement des Alpes, cette contrainte qui avait déjà été à l’origine de la conquête romaine. (...) 

A l’aube du XIe siècle émergent les dynasties régionales : sires de Faucigny, comtes de Genève, comtes de Savoie et, au nord du lac, Zähringen. Les grandes maisons religieuses et les évêques sont également investis de pouvoirs et de domaine temporels, à Genève, à Sion et à Lausanne. Le phénomène majeur est l’ascension de la maison de Savoie. Issue très probablement d’un grand dignitaire du second royaume de bourgogne, possessionné en Lyonnais, en Bas-Dauphiné et en Viennois, elle s’oriente rapidement vers les Alpes, prenant pied autour du lac du Bourget, dans les grandes vallées intra-alpines de Maurienne et de Tarentaise, en Chablais, en bas Valais, dans la vallée d’Aoste et à la lisière piémontaise de la chaîne. A travers bien des vicissitudes, les successeurs d’Humbert aux blanches mains deviennent, selon l’expression consacrée, les « portiers des Alpes ». Mettant à leur service le prestige des abbayes comme celle de Saint-Maurice, dont ils s’instituent les protecteurs, alternant la force et la diplomatie, ils poursuivent leur expansion territoriale.

Dans le Chablais savoyard, qui s'étend jusqu'à la Veveyse, le château de Chillon, cité en 1150, surveille une des grandes routes européennes, héritière de l’ancienne voie romaine reliant l’Europe occidentale à l’Italie. En 1207, après l’acquisition de Moudon, les Savoie commencent leur implantation dans le pays de Vaud, au détriment des Zähringen et de leurs vassaux. La mosaïque féodale se simplifie, à leur profit. Ils entrent en possession du Faucigny, en 1355, puis du Genevois, en 1410. Les comtes de Savoie édifient leur puissance sous l’égide lointaine des empereurs dont ils ont été, dès le début, les alliés dans les luttes qui les opposaient à la papauté. Leurs ambitions se heurtent à la souveraineté des évêques, relevant directement de l’Empire.
Les comtes s’imposent dans l’évêché de Sion, mais les prélats de Lausanne conservent leurs privilèges et leurs terres. A Genève, les comtes de Savoie chercheront vainement à se rendre maître de la cité, au long d’épisodes compliqués qui fortifieront l’esprit d’indépendance des habitants et seront un des mobiles de leur adhésion à la Réforme. 

Comme dans toute l’Europe, le réveil économique qui suit les croisades favorise les villes, noeuds de trafic et places de production et d’échanges. Pour se concilier les habitants, les souverains et les prélats leur accordent, aux XIIIe et XIVe siècles, des chartes de franchises communales comportant des pouvoirs de gestion à l’intérieur des murs, ou même créent de toutes pièces des bourgs sur les rives, comme Hermance ou Villeneuve, en 1214.

Le XVe siècle est, malgré les séquelles de la catastrophe de la peste noire de 1348, une ère lémanique de haute conjoncture qui coïncide avec le long règne du comte Amédée VIII (1391-1451), investi de la dignité ducale par l’empereur Sigismond en 1416. 

Le Léman est parcouru par une batellerie active, au service de l’économie régionale, pour desservir les marchés urbains dont Genève, Lausanne et les sièges des châtellenies sont les foyers. Les navatiers transportent d’une rive à l’autre les bois, les vins, les fromages, le sel et les grains dont Morges est le port spécialisé. 

Plus important encore est le rôle de carrefour international. La cuvette lémanique est à la croisée de deux grands flux. Le plus ancien, millénaire, unit l’Italie du nord, à travers le Simplon et le Grand Saint Bernard, à la vallée du Rhin par le Plateau Suisse ; à la Bourgogne et au Bassin parisien par les passages jurassiens de Vallorbe et de Jougne ; A Lyon, à la France méridionale et centrale, par Genève et les routes allant vers Nantua ou Seyssel. Plus récent, un autre itinéraire est constitué par un faisceau de relations en provenance des contrées orientales et septentrionales et se dirigeant vers la Méditerranée occidentale. 

Après 1300, Genève bénéficie du déclin des foires de Champagne et, quatre fois par an, la cité épiscopale attire, dans les quartiers commerçants du bords de la rade, tous les grands marchands du continent, Italiens en tête puis Français, Anglais, Allemands, Flamands et même Catalans. "Un réseau continental d'envergure est en place depuis le XIVe siècle, qui ne se démentira plus : les grands chemins tracés au XVIIIe siècle, les voies ferroviaires du XIXe siècle et, aujourd'hui, nos autoroutes, seront calqués sur le même schéma." (J.F. Bergier) 

L'unité lémanienne se brise à l'avènement des Temps modernes. Des signes avant-courreurs annoncent cette ère de ruptures. Dans la longue durée, c'est la montée des Etats nationaux, avec leurs vastes espaces économiques et leurs ambitions politiques, pour lesquels les contrées péri-alpines vont devenir un enjeu et un champ d'affrontements. Au milieu du XVe siècle déjà, les foires de Genève déclinent et, en 1464-1465, la majeure partie de leur activité, dont les fructueuses opérations de banque et de change, émigrent à Lyon, sous le protection du roi de France. A la suite des grandes découvertes, le monde méditerranéen entre dans un relatif déclin au profit des façades atlantiques, tournées vers l'Afrique et le Nouveau Monde. Les Alpes, si ouvertes au commerce à longue distance, se referment, pénalisées de surcroît, après 1550, par le sévère refroidissement du "petit âge glaciaire". Les guerres de Bourgogne déstabilisent la région, que l'incapacité des successeurs d'Amédée VIII place en position de faiblesse devant la monté de la réforme. 

Crise de conscience religieuse et désir de secouer la tutelle savoyarde se conjuguent dans le passage de Genève au protestantisme en 1536. L'intervention bernoise au secours des huguenots déchire l'entité lémanique et crée des disjonctions qui se sont perpétuées jusqu'à nos jours. Le pays de Vaud, où la Réforme avait également fait des adeptes, Genève et ses environs (baillages de Ternier-Saint-Julien et Gaillard), la rive sud du lac jusqu'à Thonon -le Chablais à l'est de la Dranse passant sous contrôle valaisan- échappent à la mouvance savoyarde. En 1559, Emmanuel-Philibert, le grand homme de guerre au service de Charles Quint, recouvre ses domaines. Les terres occupées par Berne lui sont restituées en 1567, à l'exception du pays de Vaud, et la partie valaisanne en 1569. 

Charles-Emmanuel Ier, allié à l'Espagne, tente de reconquérir la rebelle cité de Calvin. La guerre ravage les parages de Genève et le bas Chablais, en 1589 et 1590. 

A l'issue de ces luttes, un nouveau statut territorial se met en place. En 1601, au traité de Lyon, le duc cède à Henri IV tout le volet lémanique occidental : Bresse, Bugey, Valromay et pays de Gex. Au lendemain de la tentative manquée de "l'Escalade" contre la "Réforme protestante", le traité de Saint-Julien, en 1603, reconnaît l'indépendance de la République réformée, dans son enceinte urbaine et ses mandements ruraux, enclavés dans la Savoie.

Jusqu'à la Révolution française, dans le bassin lémanique, les faits de civilisation l'emportent sur les conflits armés. Les destins des divers secteurs riverains divergent. La Savoie, dans le cadre de la monarchie absolutiste -érigée en royaume de Sardaigne en 1718- devient un des bastions de la contre-réforme, après le retour du Chablais, largement passé au protestantisme, dans le giron de Rome. Cette "conversion" sera l'oeuvre de François de Sales et des ordres religieux militants, Capucins et Barnabites. 

Genève, dont les rapports se normalisent lentement avec la cour de Turin au long du XVIIIe, est désormais largement coupée de son proche environnement géographique. Elle se tourne vers le grand large, tissant un réseau de relations internationales et développant une étonnante prospérité, fondée sur les deux piliers de l'horlogerie et de la banque, et les activités de l'imprimerie, puis du textile. La cité, étroitement enfermée dans ses fortifications, est, à l'ère des Lumières, un foyer de culture et de recherche scientifique, dans les domaines les plus variés. 

Sous le paternalisme vigilant et éclairé de Berne, les baillages vaudois mènent une vie paisible autour de Lausanne qui, à l'inverse de Genève, est le type même de la capitale régionale. 

Le Léman est désormais divisé en son milieu par une frontière qui, en dépit de la persistance de genres de vie semblables, sur les deux rives, est devenue une ligne séparante pour les institutions, les religions et les mentalités. 

Le nouvel ordre révolutionnaire et impérial, inauguré par l'invasion française de la Savoie en 1792, replace, pour moins de deux décennies, le lac dans l'orbite de la "grande nation". De 1798 à 1814, l'ex-République de Genève, le Chablais, le Faucigny, l'ancienne province de Carouge et le pays de Gex forment un département du Léman dont Genève est la préfecture. 

Dans le pays de Vaud, les patriotes en exil suscitent une intervention du Directoire qui place sous sa protection tous les rebelles à la tutelle bernoise. A cette nouvelle, la sédition éclate, et en janvier 1798 est proclamée la République lémanique. Institution éphémère car, après la mainmise de Bonaparte sur la Suisse, le pays de Vaud deviendra le canton du Léman, incorporé à la République helvétique unitaire. En 1803, l'Acte de médiation rétablit une structure fédéraliste et le canton de Vaud entre dans la nouvelle confédération helvétique dont il suivra désormais les destinées. 

Le Valais était demeuré fidèle au catholicisme et allié à la Savoie. Il subit, lui aussi, l'hégémonie de la France qui, en 1798, impose par la force son incorporation à la république helvétique. Pour s'assurer la maîtrise du Grand-Saint-Bernard et du Simplon, indispensables à sa politique italienne, le Premier consul décide, en 1802, l'annexion du Valais à la France mais, devant l'attachement des populations à la République helvétique, il constitue la vallée du Rhône en une république indépendante, qui est en fait un protectorat étroitement dépendant du gouvernement de Paris. Cette évolution vers l'assimilation pure et simple est sanctionnée, en 1810, par l'annexion à l'Empire, sous le nom de département du Simplon. En 1815, les Puissances ratifient le voeu des habitants en incorporant le Valais à la Confédération helvétique. 

La Restauration de 1815 dessine, au congrès de Vienne, les traits de la configuration politique actuelle, parachevée par le traité de Turin de 1816 entre Genève et la Sardaigne. La Savoie est rendue à son ancienne dynastie et redevient duché du royaume de Sardaigne. La République de Genève, restaurée, forme un canton de la Confédération au territoire d'un seul tenant, constitué par des cessions territoriales consenties par la France et la Sardaigne pour souder la cité aux anciens mandements et les relier à la Suisse. Des zones douanières franches sont instituées en 1815-1816 pour donner à la République et au canton un hinterland économique en Savoie et dans la pays de Gex. Une autre petite zone sera créée en 1829 autour de Saint-Gingolph, à la frontière du Valais. La Savoie du nord est assujettie à une neutralisation, comme si elle eût fait partie de la Suisse, et à un droit d'occupation par les milices fédérales. 

En 1860, lorsque le statut de la Savoie est remis en question et que sa cession à la France est prévue en contrepartie du concours de Napoléon III à l'unification de l'Italie, un courant pro-helvétique se manifeste pour la réunion des provinces septentrionales à la Suisse. Cette menace de démembrement est conjurée par l'octroi de la grande zone franche, englobant les zones antérieures et couvrant les deux tiers du département de la Haute-Savoie. Genève retrouve alors un rôle de centre économique pour un large arrière-pays devenu français. 

Au lendemain de la Première Guerre mondiale, le traité de Versailles abolit les clauses de neutralisation et d'occupation militaires. La France supprime les zones franches en 1923, mais au terme d'un long procès devant la Cour de justice internationale de La Haye, elle est condamnée à rétablir, en 1934, les "petites zones" de 1815-1816. 

C'est désormais à l'intérieur de deux Etats nationaux que les pays du Léman vivent en paix.